Existen varios topónimos y en varias islas que tienen este nombre como principal o específico. Estos son:

En Tenerife: Margarita, un lugar al sur de Granadilla de Abona (GAC 131 G6) y Margarita de Piedra en la parte alta del Valle de la Orotaba (GAC 107 E5).

En Gran Canaria: Roque Margarita y Barranquillo Margarita, los dos vinculados entre sí, en la cumbre del municipio de Vega de San Mateo, al nordeste del Pico de las Nieves (La toponimia de Gran Canaria 1997: II, 289 y 79, respectivamente).

Y en La Palma: Margarita, en el Barranco Río, municipio de Santa Cruz de La Palma (Díaz Alayón 1987b: 631).

Con un nombre como este en la toponimia de Canarias debe esperarse que remita a la flor así llamada, a la planta identificada como Argygranthemun callichrysum que en las Islas se conoce también como magarza, o al antropónimo de mujer. El primer supuesto es muy impropio para nombrar un espacio geográfico tradicional, y sí más propio para modernas urbanizaciones, aunque en este caso sea más común el uso del plural Las Margaritas. El segundo supuesto sí es posible, pero el topónimo debería aparecer con el artículo y en plural. Podría pensarse también en un antropónimo, como nombre del propietario de los terrenos, pero entonces requeriría algún complemento especificativo, y en ningún caso ejemplos como Roque Margarita o Barranquillo Margarita. Así que si nos encontramos con topónimos como los que anteceden será obligado preguntarnos por esa anomalía toponomástica. No es anómalo el topónimo Margarita de Piedra de la parte alta del Valle de La Orotaba, pero solo porque es un metafórico: se trata de un extraño pero maravilloso prodigio de la naturaleza en que una roca regularmente fragmentada aparenta ser la flor de una verdadera margarita y que se convierte en parada obligada de todos los turistas que suben o bajan de las Cañadas del Teide.

Pues si esos topónimos no contienen ni el apelativo margarita ni el antropónimo Margarita deben de contener un étimo guanche, aunque obviamente españolizado. ¿Cuál puede ser? Suponemos que el mismo de Malgara o Margara visto anteriormente.